Biểu hiện của một gen cụ thể có thể ước định một cách gián tiếp dùng công nghệ vi mảng ADN, nó cho ta biết số liệu thô về độ tập trung của tế bào tại các ARN thông tin khác nhau; thường là vài ngàn tế bào tại cùng một thời điểm. Tiếng Anh vẫn thường gọi là expression profiling, nhưng thực ra từ này dùng không đúng lắm.

Biểu hiện của nhiều gen được xác định thường là ổn định sau giai đoạn sao mã, nên việc tăng độ tập trung mARN không có nghĩa là sẽ làm tăng độ biểu hiện. Một phương pháp khác chính xác và nhạy hơn để đo độ biểu hiện gen là phản ứng chuỗi polymeraza thời gian thực. Với đường cong được tạo ra cẩn thận nó có thể cho ra phép đo tuyết đối như số lượng bản sao của mARN trên mỗi nanolitre của homogenized tissue, hay số lượng bản sao mARN trên tổng số poly-adenosin ARN. Mức độ biểu hiện gen có thể được đo đạc bằng cách kết hợp (fusing) protein mong muốn với một protein thông báo khác, chẳng hạn protein lân quang lục hay enzym beta-galactosidaza. Từ đó, mức độ biểu hiện của những protein thông báo có thể được định lượng trực tiếp dùng các kĩ thuật chuẩn hóa có sẵn.